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医療法人の設立が認可され、認可書を受領したあとは、次のように手続きが進みます。
医療法人設立認可 都道府県知事から認可書受領
医療法人設立登記 法務局に登記申請
登記届 都道府県知事に提出
病院（診療所）開設許可申請 保健所に提出
病院（診療所）開設許可 保健所から許可書受領
病院（診療所）使用許可申請 保健所に提出
病院（診療所）使用許可 保健所から許可証受領
個人開設の病院（診療所）廃止届 保健所に提出
医療法人設立認可申請時に、個人で病院又は診療所を開設しており、それを医療法人による開設に変更する場合は、個人開設の病院（診療所）の廃止届の提出が必要です。
エックス線装置を有している病院（診療所）は、備付届等の提出も必要です。
保健医療機関の指定を受ける場合は、指定申請が必要です。
医療法人成立後、１年以内に上記手続きを行わない場合は、設立認可を取り消されることがあります。
医療法人は、設立認可を受けたあと、その主たる事務所の所在地において設立の登記をすることにより、成立します。
| ■設立時の登記事項
① 目的及び業務 ② 名称 ③ 事務所の所在場所 定款で従たる事務所を定めたときは、住たる事務所も登記します。 ④ 代表権を有する者（理事長）の氏名、住所及び資格 ⑤ 存続期間又は解散の事由を定めたときは、その期間又は事由 法定の解散事由は登記する必要はありません。 ⑥ 資産の総額 財産目録の純資産（正味資産額）とします。 |
医療法人の設立登記申請は、設立の認可、その他設立に必要な手続き（拠出額の払込み等）が終了した日から２週間以内に、主たる事務所の所在地を管轄する登記所で行わなければなりません。また、従たる事務所を置く場合は、主たる事務所の所在地で登記をした日から２週間以内に、従たる事務所の所在地を管轄する登記所で登記申請しなければなりません。
拠出を受けて医療法人の資産となった土地、建物については、所有権移転登記申請をする必要があります。
設立登記が完了したあと、履歴事項全部証明書を取得し、医療法人の登記事項の届出を都道府県知事に提出します。
設立の登記が完了することにより、医療法人が成立します。
医療法人成立後は、定款に定める病院、診療所又は介護老人保健施設の開設の手続きを行います。法人の成立後１年以内に病院等を開設しない場合は、設立の認可が取り消される場合があります。
開設の手順は次のとおりです。
設立登記が完了したあと、定款に定める病院等の開設許可申請を行う
STEP１の開設許可を受けたあと、病院等の施設の使用開始予定時期を考慮したうえで、使用許可申請を行う（病床を有しない診療所の場合は、この申請は不要）
STEP２の使用許可を受けて、開設後１０日以内に、開設届を保健所に提出する
（東京都の場合、病床を有しない診療所については、１の開設許可を受けて開設後１０日以内に開設届を提出する）
なお、個人開設から医療法人開設に切り替える場合は、従来の開設者名での廃止届を、上記開設届と同時に提出します。
医療法人成立後は、東京都の場合は、関東信越厚生局東京事務所への保険医療機関の指定申請のほか、税務署、都税事務所、区市町村、労働基準監督署等の諸官庁への手続きも必要です。
銀行口座の変更、電気、水道、ガス、電話等の名義変更や、拠出を受けて法人の資産となったものの名義換えの手続きも必要です。
また、医療法人の従業員、常勤役員等はもちろん、理事長も法人に使用される者として、健康保険、厚生年金保険、雇用保険に加入することが義務付られているため、これらの保険への加入の手続きが必要です。
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